1.畜禽疾病頻發，養殖風險高
長期以來，我國畜禽養殖廣泛分布在農村范圍，主要以散養為主；養殖群體主要為農民階層，其文化層次參差不齊，信息閉塞并缺乏專業指導，對于養殖技術和規范化科學化養殖的認識掌握不足，養殖技術水平相對較低，且對于疾病的信息得知、預防和抑制都沒有合理有效的措施和方法；養殖環境較差，養殖密度過高，環境凈化處理不當，導致大量的細菌、病毒、有害氣體滋生，給合理化安全養殖造成了極大的隱患，嚴重阻礙了農民養殖的積極性和農業現代化的進程，是當前畜禽養殖發展迫切需要解決的問題，也是世界性的難題。
2.畜禽疾病頻發導致用藥過多，產品品質不高
為了降低養殖風險，減少或杜絕發病率與死亡率，現在國內普遍的做法是對畜禽注射疫苗或者喂食藥物，從而達到預防和抑制畜禽疾病的目的。然而，喂藥不但增加生產成本，過多的抗生素在畜禽體內通過積累反過來危害畜禽的健康生長，如可導致雞的侏儒癥，過多地使用化學藥物還會損害蛋雞的吸鈣機能，蛋雞的吸鈣機能受損即使增加含鈣飼料也收效甚微，軟殼蛋不可避免地還要產出。以食品衛生方面來看，攜帶生長素和抗生素的畜禽產品給人類身體造成危害的報道也經常見諸報端，讓生活質量要求越來越高的消費者留下憂心和疑慮，影響畜禽產品的市場銷售。養殖生產過程中不給畜禽喂抗生素等藥物難以避免瘟疫疾病帶來的損失，喂了抗生素等藥物又影響了產品質量，使養殖者處于兩難境地。常規的技術已暴露出明顯的高藥物殘留的弊端，如何解決無風險生產與食品安全同時兼顧的問題？只有通過解決養殖環境和飲用水的凈化、殺菌，以抑制和清除病菌的源頭，才是最終的解決方案，而在全世界范圍對于臭氧和負離子技術在畜禽養殖的應用實屬空白。
3.綠色無公害產品成為發展趨勢，畜禽養殖業的科技水平有待提高
我國是一個養殖大國，其中禽類存欄數量40億只，位居世界第一，但我國畜牧產品出口貿易非常蕭條。2006年數據顯示我國活雞，雞肉蛋類出口額僅占世界出口總額60306億美元的0.28%，即便如此，2007年歐盟26個成員國及日、韓等國還因為我國動物性產品抗生素殘留超標，決定暫停進口我國的動物源性產品，2008年和2009年形勢有所了改善，但是食品安全問題頻發，狀況還是不容樂觀。 這些問題不解決，我國的農產品很難走出國門。因此，必須大力開發無公害食品、綠色食品，改變傳統的養殖模式、提升畜禽養殖業的科技水平，讓我國具有價格競爭優勢的農產品，具有質量安全的競爭優勢，只有這樣，才能參與國際市場的市場競爭，使我國農產品揚長避短，搶占國際市場，促進出口創匯。
4.畜禽圈舍空氣惡劣，危害畜禽健康
圈舍有害氣體通常包括氨氣、硫化氫、一氧化碳、二氧化碳、甲烷等，主要是由畜禽呼吸、糞尿、飼料、墊草的發酵或腐敗以及冬季用煤炭加熱增溫或管理不善而產生。這些有害氣體在濃度較低時，不會引起畜禽明顯的外觀不良癥狀。但畜禽長期處于含有低濃度有害氣體的環境中，會使其體質變差、抵抗力降低，發病率和死亡率升高，同時采食量、飼料利用率、增重降低，并可引起慢性中毒、眼病、呼吸系統疾病和消化系統疾病，嚴重時直接導致死亡。這種影響不易覺察，常使生產無形中蒙受損失，應予以足夠重視。 要保持圈舍內空氣清新，最常用的做法是保持圈舍內通風良好，然而在養殖過程中，經常為了保持圈舍溫度而需要關嚴門窗，另外，通風換氣還可能導致畜禽感冒發病，使養殖戶蒙受更大的損失。并且，氨氣和硫化氫等有害氣體易溶于水，在潮濕的圈舍，氨氣和硫化氫常吸附在潮濕的地面、墻壁和頂棚上，也很難通過通風而排出。 更嚴重的是，密閉圈舍中還會繁衍出大量的細菌、病毒等病原微生物，這更加劇了對畜禽的危害程度。在這些有害氣體與病原微生物的長期作用下，畜禽呼吸道、消化道疾病以及皮膚病的發病幾率將會大大提高，成為令廣大養殖戶頗為頭疼的問題。
5.畜禽糞便處理措施不強，極易引發畜禽得病
在養殖過程中，畜禽糞便處理是一項高投入的工程，長期受到了養殖戶的忽視，但隨著社會經濟的發展，人們對生活環境質量越來越關注，畜禽養殖污染成為了社會熱點問題，影響了畜牧業可持續發展。 畜禽群居生活，在生存環境中同呼吸、共接觸，在空氣質量和物品、糞便管理上，就顯得尤為突出。呼吸道疾病的發生和傳播主要是因為糞便污染造成空氣污染，使各種病原菌滋生蔓延，并通過空氣流動相互傳播。空氣污染隨著養殖周期的遞增，愈來愈嚴重，環境漸漸惡化，導致呼吸道疾病傳播快，控制難。由于傳統的消毒方法工作量大，且不能徹底根除衛生死角的病原菌，疾病控制不能達到理想效果，還會因消毒藥物的化學殘留對圈舍造成二次污染。所以，糞便污染問題也成為令廣大養殖戶極為頭疼的問題。
6.畜禽飲用水含菌量超標甚至被重金屬化工等污染
如今人類飲水質量都存在很多安全隱患，何況畜禽飲用水。大量化工或污染嚴重的企業把污水排向下游河流，導致城鄉人民用水嚴重污染，人類健康受到威脅，畜禽健康也同樣受到威脅，所以我們不僅要重視人類飲用水安全問題，同時也不能忽略畜禽飲用水的安全問題。這也是人類和畜禽養殖業所面臨的一個重大課題。
畜禽業發展趨勢
隨著我國城鄉居民收入不斷提高，畜禽產品的消費量也持續增長。目前大多數家庭的日常飲食，尤其是早餐，雞蛋都是必備的食品。雞肉、豬肉的消費也越來越旺盛，“無雞無肉不成席”已成為許多地區約定俗成的消費習慣。
相應的，畜禽養殖業在農業總產值中所占的比重不斷擴大，很多縣市都達到了50%以上，畜禽養殖業也成為吸引農村剩余勞動力，增加農民收入的主要途徑。同時，隨著生活水平的不斷提高，環境污染對食品安全性的威脅以及對人類身體健康的危害日漸被人們所重視，人們不但要求吃飽、吃好，而且開始追求吃得安全和健康。提高食物的安全性，保障人身健康，成為人們關心的一項重要的大事，回歸大自然，消費綠色無公害食品已經成為世界的消費潮流，也正在成為我國人民消費的主題。黨中央提出的實施農業結構戰略性調整，其核心任務是生產優質、安全的農產品。因此，發展綠色食品，是提高農產品質量與安全性的重要途徑，同時發展綠色食品有利于推進農業結構的戰略性調整，是當前我國新階段農業生產的一項重大戰略措施，也是新階段農業生產的迫切需要。
