1 維生素的缺乏
維生素是豬的重要營養成分之一，它不僅可作為豬體內許多酶的輔酶，參與生命活動，而且可以直接或間接影響豬生長、器官和組織的發育。維生素缺乏可引起一系列缺乏癥，其中能引起仔豬腹瀉的主要有：維生素B1、維生素B2、維生素PP和泛酸的缺乏。維生素B1作為α-酮酸氧化脫氫酶系的輔酶可參與糖代謝，其缺乏可出現糖代謝障礙，導致代謝中間產物（丙酮酸、乳酸等）的堆積，進而影響能量供應。仔豬臨床表現為：嘔吐、腹瀉、生長停滯。維生素B2則作為生物體內的輔酶參與氧化，缺乏時，仔豬表現為：嘔吐、肛門粘膜炎癥并伴有腹瀉等。可促進鐵吸收和紅細胞生成的維生素PP的缺乏，可引起蛋白質、脂肪和糖類的代謝障礙，導致慢性消化不良，甚至造成彌漫性腸炎而發生腹瀉。泛酸則是仔豬體內輔酶A的組成成分，在維持消化道正常功能和提高抗病力方面起重要作用，缺乏時同樣表現為腹瀉。
2 礦物元素缺乏
與仔豬腹瀉有直接關系的礦物元素主要有：鐵、鋅和硒。鐵作為仔豬體內必須的礦物質元素，缺乏可引起仔豬缺鐵性貧血，導致仔豬抗病力降低，易感染致病菌，發生腹瀉甚至死亡。鋅則通過參與酶的合成，促進核酸和蛋白質的合成，加速激素的合成和釋放，維持上皮組織的正常生理功能，增強機體免疫和抗氧化功能。缺鋅可使胃腸粘膜發炎，胃腸運動、分泌機能失調，并使含鋅消化酶的活性下降，引起消化吸收率下降，使食糜在胃腸道內蓄積，引起仔豬腹瀉。而硒作為GSH－PX（谷胱甘肽過氧化酶）的組成成分，參與阻止過氧化物的積累，保護細胞膜免受過氧化酶的損害。缺硒時，GSH－PX活性下降，胃腸平滑肌細胞脂質膜會因過氧化發生質性病變，從而引起仔豬消化紊亂，并伴有頑固性腹瀉。
3 飼料中粗蛋白的含量過高
斷奶仔豬消化道及其酶系統發育尚未健全，導致日糧中蛋白質的消化率低下和必需氨基酸的比例不平衡。特別是在飼糧粗蛋白水平較高的情況下，較多的飼糧蛋白質進入大腸發生腐敗分解，產生多量的尸胺、腐胺等毒性胺類物質，繼而對腸壁組織造成損害，使腸道的蠕動加快和分泌增加，結腸對水分的吸收能力減弱，同時還使小腸絨毛水腫，最終引起消化不良性腹瀉。而且研究還表明，日糧蛋白質本身并非唯一起作用的因素，還存在著某些蛋白質的致變態的反應。一些專家學者指出，仔豬腸道對日糧抗原過敏從而導致腸道損傷是斷奶后腹瀉的主要原因。仔豬斷奶后的過敏性腹瀉與飼糧蛋白質種類有關，其中植物性蛋白是引起仔豬腸道發生過敏反應的重要抗原物。
4 電解質不平衡
電解質平衡在仔豬滲透壓、酸堿平衡、水鹽代謝方面起重要作用，其與仔豬消化不良、腹瀉等有密切關系。飼糧中的電解質平衡可直接影響仔豬體內和消化道內的電解質平衡，因此飼料中的電解質不平衡極易造成仔豬體內和消化道內電解質的不平衡，最終導致仔豬腹瀉。
5 日糧的PH值過高
斷奶仔豬本身就因胃底腺不發達，胃與神經系統之間的聯系尚未完全建立，胃腺功能差，導致胃內PH值較高，如果日糧中PH值過高更會導致胃內酸度下降，為病原菌提供適宜的生存環境，進而大量繁殖，引起腸壁發炎、水腫，消化吸收能力降低，大量水分和營養物質被排出腸腔，從而引起仔豬腹瀉、脫水、甚至死亡。
6 有毒物質和抗營養物
飼料氧化酸敗、發霉變質，過期失效，微量元素超標，含有毒物質（如棉酚、芥酸、單寧等）等都有可能引發仔豬腹瀉。而且，飼喂過多的輕瀉性原料仔豬也會發生腹瀉。
